Dividir filas de Excel

Sí, por defecto: la fila 1 va arriba de cada archivo y la fila de datos debajo. Desmarca la casilla si tu hoja empieza directamente con los datos, sin encabezados, y cada archivo contendrá solo esa fila.

Se sustituyen por el valor que la hoja de cálculo guardó la última vez. Es a propósito: una fórmula como =B7+C7 movida a la fila 2 de un archivo nuevo apuntaría a la fila 7 de ese archivo, que está vacía, y te daría un número equivocado sin decir nada. Si el archivo lo escribió un programa y no Excel, puede que no tenga ningún resultado guardado; en ese caso esas celdas salen en blanco y la página te dice cuántas son.

2000 por tanda. A partir de 200 se detiene y pregunta, porque cada archivo se queda en la memoria del navegador hasta que se arma el ZIP. Para una hoja más grande, pon 2-2000 en la casilla de filas, luego 2001-4000, y así.

Puedes sacarlos de cualquier columna: escribe la letra de la columna o el texto del encabezado. Los valores vacíos, los repetidos y los caracteres que Windows no acepta están resueltos: recibes un nombre numerado, un sufijo -2 o un guion bajo en lugar del carácter.

Sí. El CSV se lee como texto UTF-8 y los archivos salen en .xlsx. Ahí el formato no es un problema: un CSV no tiene ninguno.